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Masterarbeit Molekular- und Zellbiologie 2

Thema:
Klonierung der langen nichtcodierenden RNA LOC101929080 und Untersuchung möglicher regulatorischer Effekte
 
Wissenschaftlicher Hintergrund:
In einer genomweiten Assoziationsstudie konnten Nukleotidpolymorphismen der langen nicht-proteincodierenden RNA (lncRNA) LOC101929080 in Zusammenhang zu einem erhöhten Krankheitsrisiko der schweren Entzündungskrankheit Aggressive Parodontitis (AgP) gebracht werden. Diese lncRNA stellt eine RNA bislang unbekannter Funktion dar. Mitglieder dieser RNA-Klasse haben oftmals regulatorische Effekte auf benachbarte Gene (cis-Effekte) oder auf im Genom weit entfernt liegende Gene (trans-Effekte). In unmittelbarer chromosomaler Nachbarschaft zu LOC101929080 befindet sich ein proteincodierendes Gen, das im Knockout-Mausmodell einen für die AgP interessanten Phänotyp zeigt. Um erste Hinweise zur biologischen Funktion dieser lncRNA zu erhalten, soll LOC101929080 überexprimiert und die Hypothese geprüft werden, ob sie einen regulatorischen Effekt auf die transkriptionelle Aktivität eines oder mehrerer Gene hat.
 
Methoden:
Das vollständige Transkript von LOC101929080 soll über eine RACE-PCR identifziert und in einen Überexpressionsvektor kloniert werden. Anschließend soll das Gen in zwei humane Zelllinien transfiziert und exprimiert werden. Die Effekte der Überexpression von LOC101929080 auf das benachbarte Gen soll in cis- durch quantitative RT-PCR und in trans- über eine genomweite Expressionsprofilierung (HumanHT-12 BeadChips) analysiert werden.
 
Das Institut
Das RCIS ist ein interdisziplinäres und anwendungsorientiertes Netzwerk von Forschern aus dem Bereich der Immunologie der Charité. Der Standort des Labors für die ausgeschriebene Masterarbeit befindet sich im CharitéCentrum 03 für Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde (Assmannshauser Str. 4-6, U/S-Bhf Heidelberger Platz) in der Abteilung für Parodontologie und Synoptische Zahnmedizin, Professor Henrik Dommisch. Die Arbeitsgruppe ist auf dem Gebiet der molekulargenetischen Identifikation und Charakterisierung der Risikogene der Parodontitis international exzellent ausgewiesen (http://paro.charite.de/forschung)
 
Gewünschter Bewerbungszugang:
Bitte senden Sie Ihre aussagekräftige Bewerbung als Pdf-Datei per Email an arne.schaefer@charite.de
Kontakt für Bewerbungen
Dr. Arne Schäfer, arne.schaefer@charite.de , Tel. 030-450562-343
Bitte beziehen Sie sich bei Ihrer Bewerbung auf jobvector und geben Sie die folgende Referenznummer an: 2015-2

Über Charité - Universitätsmedizin Berlin

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