Der Institutsteil Bionanalytik und Bioprozesse IZI-BB adressiert mit seinen Schwerpunkten Analytik, Diagnostik, Biosystemtechnik und biologische Sicherheit zukunftsträchtige und nachhaltige Entwicklungsfelder.
Die Ursprünge des jetzigen Fraunhofer IZI-BB wurden 1998 als Außenstelle des Fraunhofer IBMT »Molekulare Bioanalytik« unter anderem mit der Einwerbung des BMBF-BioFuture Preises in Potsdam-Rehbrücke begründet. 2001 erfolgte die Integration in die damalige Fraunhofer Arbeitsgruppe Medizinische Biotechnologie (ABMT). Mit Baustart in 2004 und Einweihung in 2007 wurde das Teilinstitut des IBMT am Standort Potsdam-Golm in dem dort aufkeimenden Forschungspark im Umfeld der Universität Potsdam, des MPI sowie des GoIm-Gründerzentrums mit einer Gesamtnutzfläche von heute ca. 4.300 m2 etabliert.
Im Ergebnis der Umsetzung erfasster interner Synergiestrategien wurde der Institutsteil im Jahr 2014 dem Fraunhofer IZI angegliedert und stellt nunmehr neben dem Hauptstandort in Leipzig, der Projektgruppe Molekulare Wirkstoffbiochemie und Therapieentwicklung (IZI-MWT) in Halle (Saale) sowie der Projektgruppe Extrakorporale Immunmodulation in Rostock den vierten Standort des Fraunhofer IZI in Deutschland dar. Aufgrund seiner Infrastruktur und Historie wird der Institutsteils vollständig autonom verwaltet.