Das Universitätsklinikum Freiburg ist ein Krankenhaus der Maximalversorgung mit über 2.100 Betten, dessen Einzugsgebiet sich von Basel bis Karlsruhe, von der französischen Grenze bis hin zum Bodensee erstreckt. Es werden jährlich rund 90.000 stationäre Patient*innen und rund 900.000 ambulante Besucher*innen behandelt. Das Universitätsklinikum beschäftigt mehr als 15.000 Mitarbeiter*innen und zählt zu den größten Arbeitgebern in der Region.
Die Klinik für Innere Medizin I, Schwerpunkt Hämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation, Zentrum für Translationale Zellforschung (ZTZ), sucht für die Arbeitsgruppe Dr. Tobias Wertheimer eine*n
Naturwissenschaftliche*n Doktorand*in mit Schwerpunkt Computational Biology / Bioinformatik / Systems Immunology (m/w/d)
Das Forschungsprojekt beschäftigt sich mit den zellulären und molekularen Mechanismen des Immune Escape bei akuter myeloischer Leukämie (AML). Ziel ist es, mithilfe modernster Single-Cell-, Multi-Omics- und Spatial-Analysen Signalwege und Transkriptionsnetzwerke zu identifizieren, die das Zusammenspiel zwischen Leukämie- und Immunzellen steuern.
Einblick in Ihre Aufgaben:
- Analyse und Integration von large scale single cell und spatial Datensätzen (CITE-seq, HDcyto, Spatial Transcriptomics, CODEX)
- Anwendung moderner bioinformatischer Methoden, darunter probabilistische und Deep-Learning-basierte Modelle
- Identifikation von Zellkommunikationsnetzwerken und Transkriptionsprogrammen, die Immunflucht fördern
- Zusammenarbeit mit experimentellen Partnern zur biologischen Validierung der Ergebnisse
- Anfertigung einer naturwissenschaftlichen Dissertation im Bereich Computational Immunology
Ihr Profil:
- abgeschlossenes Masterstudium in Bioinformatik, Systembiologie, Computational Biology oder verwandtem Fachgebiet
- sehr gute Kenntnisse in R und/oder Python sowie in Bash/Shell-Scripting; Erfahrung in der Analyse von Einzelzell- oder Omics-Daten von Vorteil
- Erfahrung mit Code-Versionierung (GitHub/GitLab) sowie Grundkenntnisse in Workflow-Management-Systemen (z. B. Snakemake) und High-Performance-Computing-Umgebungen wünschenswert
- Interesse an Immunonkologie, Datenintegration und translationaler Forschung
- Teamfähigkeit, analytisches Denken und gute Englischkenntnisse
Wir bieten Ihnen:
- enge Betreuung durch Dr. Tobias Wertheimer mit einem exzellenten Netzwerk an Kollaborationspartnern
- Einbindung in das Graduiertenkolleg des Sonderforschungsbereichs 1479 „OncoEscape“
- Zugang zu High-Performance-Computing-Ressourcen und modernsten Einzelzell-Plattformen
- Forschung in einer renommierten, durch die Deutsche Krebshilfe geförderten Max-Eder-Nachwuchsgruppe
- eine auf vorerst 2 Jahre befristete Anstellung mit attraktiver Vergütung nach TV-L E13 (65 %), mit der Option auf Verlängerung
- hervorragende Entwicklungsmöglichkeiten und UKF-Benefits (z. B. JobTicket)
Die Stelle ist für 24 Monate befristet zu besetzen.
Wir freuen uns über Ihre Bewerbung mit allen üblichen Unterlagen über unser Onlineportal.
Universitätsklinikum Freiburg
Klinik für Innere Medizin I
Dr. Tobias Wertheimer
Hugstetter Str. 55, 79106 Freiburg
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Allgemeiner Hinweis: Die Vergütung erfolgt nach Tarif. Vollzeitstellen sind grundsätzlich teilbar, soweit dienstliche oder rechtliche Gründe nicht entgegenstehen. Schwerbehinderte Bewerber*innen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt. Einstellungen erfolgen durch die Abteilung Personalbetreuung.
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